MICAS: Microsatellite Analysis Server 3.0

All Repeats of Sinorhizobium fredii HH103 plasmid pSfHH103d partial sequence

Total Repeats: 173

S.No.	Genome ID	Motif	Iterations	Length	Start	End	A%	T%	G%	C%	Protein ID
1	NT_187150	CTG	2	6	75	80	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
2	NT_187150	GCC	2	6	171	176	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
3	NT_187150	GGA	2	6	184	189	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
4	NT_187150	ACG	2	6	204	209	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
5	NT_187150	CTT	2	6	266	271	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
6	NT_187150	GC	3	6	287	292	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
7	NT_187150	TC	3	6	340	345	0 %	50 %	0 %	50 %	399912628
8	NT_187150	AGGT	2	8	351	358	25 %	25 %	50 %	0 %	399912628
9	NT_187150	AGGAA	2	10	364	373	60 %	0 %	40 %	0 %	399912628
10	NT_187150	ATC	2	6	383	388	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
11	NT_187150	TAAAG	2	10	490	499	60 %	20 %	20 %	0 %	399912628
12	NT_187150	GCA	2	6	581	586	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
13	NT_187150	GCC	2	6	602	607	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
14	NT_187150	GCC	2	6	682	687	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
15	NT_187150	TCGA	2	8	766	773	25 %	25 %	25 %	25 %	399912628
16	NT_187150	CTG	2	6	785	790	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
17	NT_187150	GGCA	2	8	795	802	25 %	0 %	50 %	25 %	399912628
18	NT_187150	GATG	2	8	925	932	25 %	25 %	50 %	0 %	399912628
19	NT_187150	CTT	2	6	941	946	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
20	NT_187150	GTT	2	6	955	960	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912628
21	NT_187150	GCT	2	6	1019	1024	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
22	NT_187150	CCG	2	6	1033	1038	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
23	NT_187150	CGA	2	6	1149	1154	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
24	NT_187150	CGATC	2	10	1156	1165	20 %	20 %	20 %	40 %	399912628
25	NT_187150	GAG	2	6	1168	1173	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
26	NT_187150	CTT	2	6	1199	1204	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912628
27	NT_187150	TGC	2	6	1258	1263	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
28	NT_187150	AGG	2	6	1314	1319	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
29	NT_187150	AGC	2	6	1365	1370	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
30	NT_187150	TCG	2	6	1407	1412	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
31	NT_187150	GAT	2	6	1414	1419	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
32	NT_187150	ATG	2	6	1548	1553	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
33	NT_187150	GC	3	6	1605	1610	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
34	NT_187150	CGT	2	6	1611	1616	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
35	NT_187150	CGT	2	6	1648	1653	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
36	NT_187150	CCG	2	6	1656	1661	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
37	NT_187150	TC	3	6	1667	1672	0 %	50 %	0 %	50 %	399912628
38	NT_187150	CCG	2	6	1702	1707	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912628
39	NT_187150	CG	4	8	1813	1820	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
40	NT_187150	ATG	2	6	1844	1849	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912628
41	NT_187150	CGA	2	6	1851	1856	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
42	NT_187150	GCT	2	6	1909	1914	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
43	NT_187150	GCA	2	6	1915	1920	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
44	NT_187150	CGA	2	6	2031	2036	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
45	NT_187150	TCCG	2	8	2040	2047	0 %	25 %	25 %	50 %	399912628
46	NT_187150	GC	3	6	2123	2128	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
47	NT_187150	GATC	2	8	2149	2156	25 %	25 %	25 %	25 %	399912628
48	NT_187150	GAG	2	6	2222	2227	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
49	NT_187150	GGGATC	2	12	2238	2249	16.67 %	16.67 %	50 %	16.67 %	399912628
50	NT_187150	GAA	2	6	2297	2302	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912628
51	NT_187150	GCA	2	6	2349	2354	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
52	NT_187150	GC	3	6	2365	2370	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
53	NT_187150	ATGC	2	8	2475	2482	25 %	25 %	25 %	25 %	399912628
54	NT_187150	CAG	2	6	2595	2600	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
55	NT_187150	TACC	2	8	2689	2696	25 %	25 %	0 %	50 %	399912628
56	NT_187150	CGA	2	6	2886	2891	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
57	NT_187150	CAC	2	6	2997	3002	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
58	NT_187150	TCG	2	6	3040	3045	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912628
59	NT_187150	GC	3	6	3319	3324	0 %	0 %	50 %	50 %	399912628
60	NT_187150	GAG	2	6	3326	3331	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912628
61	NT_187150	TCATC	2	10	3367	3376	20 %	40 %	0 %	40 %	399912628
62	NT_187150	CCA	2	6	3398	3403	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912628
63	NT_187150	GAC	2	6	3446	3451	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912628
64	NT_187150	CTA	2	6	3472	3477	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912628
65	NT_187150	GGC	2	6	3490	3495	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912628
66	NT_187150	GCT	2	6	3656	3661	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
67	NT_187150	ACG	2	6	3667	3672	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
68	NT_187150	GCCT	2	8	3722	3729	0 %	25 %	25 %	50 %	399912629
69	NT_187150	CGA	2	6	3761	3766	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
70	NT_187150	CAGCC	2	10	3843	3852	20 %	0 %	20 %	60 %	399912629
71	NT_187150	CCG	2	6	3886	3891	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912629
72	NT_187150	CGCGG	2	10	3897	3906	0 %	0 %	60 %	40 %	399912629
73	NT_187150	CAC	2	6	3933	3938	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912629
74	NT_187150	CG	3	6	4004	4009	0 %	0 %	50 %	50 %	399912629
75	NT_187150	CGA	2	6	4046	4051	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912629
76	NT_187150	CCGT	2	8	4160	4167	0 %	25 %	25 %	50 %	399912629
77	NT_187150	CG	3	6	4178	4183	0 %	0 %	50 %	50 %	399912629
78	NT_187150	A	10	10	4266	4275	100 %	0 %	0 %	0 %	Non-Coding
79	NT_187150	CTT	2	6	4381	4386	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
80	NT_187150	GGTG	2	8	4399	4406	0 %	25 %	75 %	0 %	Non-Coding
81	NT_187150	AGG	2	6	4458	4463	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
82	NT_187150	CGA	2	6	4497	4502	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912630
83	NT_187150	AGA	2	6	4547	4552	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912630
84	NT_187150	GCT	2	6	4599	4604	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912630
85	NT_187150	G	6	6	4753	4758	0 %	0 %	100 %	0 %	Non-Coding
86	NT_187150	ATG	2	6	4761	4766	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912631
87	NT_187150	TTG	2	6	4810	4815	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	399912631
88	NT_187150	GAC	2	6	4878	4883	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912631
89	NT_187150	AAT	2	6	4893	4898	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
90	NT_187150	GATA	2	8	4971	4978	50 %	25 %	25 %	0 %	399912631
91	NT_187150	CCA	2	6	5056	5061	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912631
92	NT_187150	TCATGG	2	12	5129	5140	16.67 %	33.33 %	33.33 %	16.67 %	399912631
93	NT_187150	TTGGC	2	10	5269	5278	0 %	40 %	40 %	20 %	399912631
94	NT_187150	GTC	2	6	5412	5417	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
95	NT_187150	GGT	2	6	5428	5433	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
96	NT_187150	AAT	2	6	5442	5447	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912631
97	NT_187150	GGC	2	6	5604	5609	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912631
98	NT_187150	ATTT	2	8	5647	5654	25 %	75 %	0 %	0 %	399912631
99	NT_187150	CTG	2	6	5781	5786	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
100	NT_187150	TCG	2	6	5846	5851	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
101	NT_187150	GGCA	2	8	5859	5866	25 %	0 %	50 %	25 %	399912631
102	NT_187150	GTG	2	6	5880	5885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912631
103	NT_187150	CATGC	2	10	5898	5907	20 %	20 %	20 %	40 %	399912631
104	NT_187150	CGT	2	6	5930	5935	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912631
105	NT_187150	TCT	2	6	5970	5975	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
106	NT_187150	TTG	2	6	6017	6022	0 %	66.67 %	33.33 %	0 %	Non-Coding
107	NT_187150	GTCA	2	8	6093	6100	25 %	25 %	25 %	25 %	Non-Coding
108	NT_187150	CT	3	6	6233	6238	0 %	50 %	0 %	50 %	Non-Coding
109	NT_187150	ATT	2	6	6290	6295	33.33 %	66.67 %	0 %	0 %	Non-Coding
110	NT_187150	GTG	2	6	6310	6315	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
111	NT_187150	CG	3	6	6409	6414	0 %	0 %	50 %	50 %	399912632
112	NT_187150	AGC	2	6	6545	6550	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912632
113	NT_187150	TGA	2	6	6562	6567	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
114	NT_187150	GGT	2	6	6717	6722	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912632
115	NT_187150	CTT	2	6	6723	6728	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912632
116	NT_187150	CGCT	2	8	6778	6785	0 %	25 %	25 %	50 %	399912632
117	NT_187150	GAT	2	6	6822	6827	33.33 %	33.33 %	33.33 %	0 %	399912632
118	NT_187150	ATC	2	6	6852	6857	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912632
119	NT_187150	CAA	2	6	6914	6919	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	Non-Coding
120	NT_187150	TGG	2	6	6955	6960	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
121	NT_187150	GCG	2	6	6970	6975	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
122	NT_187150	TCG	2	6	7065	7070	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
123	NT_187150	GGC	2	6	7090	7095	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
124	NT_187150	CCA	2	6	7174	7179	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
125	NT_187150	GCG	2	6	7269	7274	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
126	NT_187150	GGT	2	6	7396	7401	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	399912633
127	NT_187150	CAT	2	6	7436	7441	33.33 %	33.33 %	0 %	33.33 %	399912633
128	NT_187150	TGC	2	6	7482	7487	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
129	NT_187150	GGC	2	6	7535	7540	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
130	NT_187150	CGC	2	6	7597	7602	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
131	NT_187150	CGG	2	6	7609	7614	0 %	0 %	66.67 %	33.33 %	399912633
132	NT_187150	GCC	2	6	7784	7789	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	399912633
133	NT_187150	TGCCTT	2	12	7795	7806	0 %	50 %	16.67 %	33.33 %	399912633
134	NT_187150	GCT	2	6	7857	7862	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
135	NT_187150	GAA	2	6	7980	7985	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
136	NT_187150	GAC	2	6	8069	8074	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912633
137	NT_187150	TGGA	2	8	8075	8082	25 %	25 %	50 %	0 %	399912633
138	NT_187150	ACC	2	6	8124	8129	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
139	NT_187150	GC	3	6	8137	8142	0 %	0 %	50 %	50 %	399912633
140	NT_187150	GAA	2	6	8211	8216	66.67 %	0 %	33.33 %	0 %	399912633
141	NT_187150	CAC	2	6	8231	8236	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912633
142	NT_187150	CGTC	2	8	8296	8303	0 %	25 %	25 %	50 %	399912633
143	NT_187150	CTG	2	6	8346	8351	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
144	NT_187150	TCG	2	6	8452	8457	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912633
145	NT_187150	CTT	2	6	8501	8506	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912633
146	NT_187150	CAG	2	6	8548	8553	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	Non-Coding
147	NT_187150	CAC	2	6	8591	8596	33.33 %	0 %	0 %	66.67 %	399912634
148	NT_187150	ATA	2	6	8704	8709	66.67 %	33.33 %	0 %	0 %	399912634
149	NT_187150	TCT	2	6	8713	8718	0 %	66.67 %	0 %	33.33 %	399912634
150	NT_187150	CAA	2	6	8726	8731	66.67 %	0 %	0 %	33.33 %	399912634
151	NT_187150	AGC	2	6	8783	8788	33.33 %	0 %	33.33 %	33.33 %	399912634
152	NT_187150	ATGT	2	8	8808	8815	25 %	50 %	25 %	0 %	399912634
153	NT_187150	TGC	2	6	8831	8836	0 %	33.33 %	33.33 %	33.33 %	399912634
154	NT_187150	TCCC	2	8	8847	8854	0 %	25 %	0 %	75 %	399912634
155	NT_187150	AAAC	2	8	8888	8895	75 %	0 %	0 %	25 %	399912634
156	NT_187150	T	6	6	8946	8951	0 %	100 %	0 %	0 %	399912634
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162	NT_187150	AT	3	6	9155	9160	50 %	50 %	0 %	0 %	399912634
163	NT_187150	GGA	2	6	9435	9440	33.33 %	0 %	66.67 %	0 %	399912634
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169	NT_187150	GC	3	6	9777	9782	0 %	0 %	50 %	50 %	399912634
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171	NT_187150	GGT	2	6	9880	9885	0 %	33.33 %	66.67 %	0 %	Non-Coding
172	NT_187150	CCG	2	6	9957	9962	0 %	0 %	33.33 %	66.67 %	Non-Coding
173	NT_187150	GC	3	6	9984	9989	0 %	0 %	50 %	50 %	Non-Coding

©2012. Centre for DNA Fingerprinting & Diagnostics (CDFD), Hyderabad.